Навукоўцы з сколкаўскіх інстытута навукі і тэхналогій, Інстытута праблем перадачы інфармацыі імя Харкевіча пры Расійскай акадэміі навук, Першага дзяржаўнага медыцынскага універсітэта імя Паўлава і НДІ грыпу імя Смородинцева апублікавалі прэпрынтаў працы на партале Virological.org, у якой распавялі пра 47-гадовай пацыентцы з Covid- 19. Справа ў тым, што ў яе выпадку коронавирус набыў 18 мутацый, а хварэла яна больш за чатыры месяцы.
У канцы сакавіка мінулага года жанчыну з У-клетачнай неходжкинской лимфомой чацвёртай стадыі шпіталізавалі для праходжання планавай хіміятэрапіі ритуксимабом (процівоопухолевое сродак з групы моноклональных антыцелаў). Яна ляжала ў адной палаце з пажылы пацыенткай, у якой неўзабаве выявілі Covid-19.
17 красавіка 47-гадовую жанчыну выпісалі са шпіталя, аднак менш чым праз два тыдні ў яе дыягнаставалі коронавирусное захворванне. «Да таго часу ў яе з'явіліся сімптомы Covid-19 (падвышаная тэмпература цела). Гэты зыходны ўзор быў адкінуты адразу пасля тэставання і не быў даступны для секвенирования. Паўторныя мазкі з насаглоткі ад 14 мая, 19 Травень, 9 Чэрвень і 14 ліпеня далі адмоўны вынік на SARS-CoV-2. Тым не менш у пацыенткі з 25 мая па 21 жніўня назіраліся сімптомы цяжкай формы Covid-19. Вынікі яе тэставання зноў апынуліся станоўчымі 3, 5, 8, 11, 13, 17, 20, 21, 26, 27 жніўня, а таксама 3 і 9 верасня. Нарэшце, вынік быў адмоўным 12 верасня а затым паўторна 10 лістапада і 16 снежня », - пішуць аўтары даследавання.
Навукоўцы секвенировали геном ўзору віруса, атрыманага 20 жніўня зь насаглоткі. Для параўнання яны таксама секвенировали ўзор мазка жанчыны (пацыентка А), ад якой 47-гадовая пацыентка (S), як мяркуецца, і заразілася. У выніку высветлілася, што ад эталоннага, Уханьскага штаму SARS-CoV-2 ўзор расіянкі адрозніваюць 25 генетычных змяненняў. «З іх сем варыяцый однонуклеотидных палімарфізмам, уключаючы тры на суседніх пазіцыях 21881-21883, змяшчаюць ўзор пацыента ў лінію B.1.1. Геном нясе пакінутыя 18 генетычных змяненняў. Ўзор першай пажылы пацыенткі А змяшчаецца ў падмурак лініі B.1.1, пацвярджаючы, што 18 мутацый спецыфічныя для пацыенткі S », - патлумачылі спецыялісты.
Такім чынам, ўдакладняюць аўтары справаздачы, секвенированный геном коронавируса ад пацыенткі з лимфомой характарызуецца незалежным набыццём 18 новых мутацый, назапашаных з 10 красавіка па 20 жніўня: гэта адпавядае хуткасці 1,67E-3 зменаў на нуклеатыд ў год, то ёсць значна перавышае сярэднюю хуткасць эвалюцыі SARS-CoV-2. У тым ліку прысутнічаюць мутацыі S-бялку Y453F і Δ69-70HV ( «камбінацыя ΔF»), якія выяўлялі і ў заражаных коронавирусом норак.
«Абедзве мутацыі сустракаюцца ў пацыента з прамежкавай частатой: гэта ўяўляе сабой выпадак палімарфізму ўнутры гаспадара. Паколькі Філагенетычна аналіз паказаў, што радавод пацыента не звязаная з кластарам норак, мутацыі сфармаваліся нанова. Незалежнае набыццё ідэнтычнай пары змяненняў у норкі і пацыента з лимфомой, а таксама паміж некалькімі пацыентамі з гаротным імунітэтам, мяркуе ўзгодненыя змены ў адборы. Пацыентка S дала адзіны на сёння ўзор з камбінацыяй мутацый Y453F і S: Δ69-70HV за межамі кластара 5, то ёсць набыты незалежна ад норак », - дадалі яны.
Акрамя гэтага, у пацыенткі выявілі яшчэ дзве мутацыі, якія раней таксама выяўлялі ў іншых хворых Covid-19 з аслабленым імунітэтам, у тым ліку N501Y. Гэта змяненне прысутнічае ў якія распаўсюджваюцца сёння так званым брытанскім штам коронавируса і паўднёваафрыканскім варыянце.
«Паколькі ўсе гэтыя мутацыі набываюцца конкордантно (гэта значыць падобныя па генатыпе. - Заўвага. Рэд.), Такім чынам, ім спрыяе ціск адбору, якое з'яўляецца агульным для пацыентаў з аслабленым імунітэтам і, магчыма, для норак, але адрозніваецца ад такога ў папуляцыі. Тым не менш варыянты, выяўленыя ў пацыентаў з аслабленым імунітэтам (і ў норак), могуць пазней распаўсюдзіцца на агульную папуляцыю, уплываючы на характарыстыкі цыркулююць штамаў », - падсумавалі аўтары даследавання.
Кіраўнік навуковай групы Рыгор Базыкин, прафесар сколкаўскіх інстытута навукі і тэхналогій, у каментары для расійскіх СМІ адзначыў, што апісаны ў справаздачы выпадак - адзінкавы. «Для агульнай эпідэміялагічнай сітуацыі ён вялікай важнасці не ўяўляе. Можна спадзявацца, што гэты вірус, які паўстаў у арганізме гэтай пацыенткі, далей нікуды не пайшоў. Хутчэй, гэта спробы зразумець, якім чынам гэты вірус эвалюцыянуе і якой на яго дзейнічае натуральны адбор », - падкрэсліў ён.
Крыніца: Naked Science