Forskere fortalte om den russiske kvinde, hvor Koronavirus købte 18 nye mutationer

Anonim
Forskere fortalte om den russiske kvinde, hvor Koronavirus købte 18 nye mutationer 5749_1
Forskere fortalte om den russiske kvinde, hvor Koronavirus købte 18 nye mutationer

Forskere fra SKOLKOVSK Institut for Videnskab og Teknologi, Instituttet for Problemerne med oplysninger om Harkevichs oplysninger under det russiske videnskabsakademi, det første statslige medicinske universitet, der blev opkaldt efter Pavlov og Smorodelsev-instituttet, udgivet et preprint af arbejdet på Virologic.org-portalen , hvor de fortalte om en 47-årig patient med Covid nitten. Faktum er, at Coronavirus i sin sag erhvervede 18 mutationer, og hun var syg i mere end fire måneder.

I slutningen af ​​marts sidste år blev en kvinde med et B-celle Nehodgkinsky lymfom fjerde fase indlagt til passage af planlagt kemoterapi rituximab (antitumormiddel fra en gruppe af monoklonale antistoffer). Hun lå i samme kammer med en ældre patient, der snart afslørede Covid-19.

Den 17. april blev en 47-årig kvinde udledt fra hospitalet, men mindre end to uger diagnosticerede hun en coronavirus sygdom. "På det tidspunkt syntes det symptomer på COVID-19 (forhøjet kropstemperatur). Denne kildeprøve blev kasseret umiddelbart efter test og ikke var tilgængelig til sekventering. Gentagne nasoplære streger dateret 14. maj 19. maj 19. juni og 14. juli gav de et negativt resultat på SARS-COV-2. Ikke desto mindre blev patienten fra 25. maj til 21. august observeret symptomerne på alvorlig Covid-19. Resultaterne af dets testning var igen positive 3, 5, 8, 11, 13, 17, 20, 21, 26, 27. august såvel som den 3. og 9. september. Endelig var resultatet negativt den 12. september og derefter re-den 10. november og 16. december: "Forfatterne af undersøgelsen skriver.

Forskere fortalte om den russiske kvinde, hvor Koronavirus købte 18 nye mutationer 5749_2
Positionen af ​​prøven af ​​den coronavirus 47-årige patient i linje B.1.1. Det fylogenetiske træ B.1.1, rekonstrueret til 49.083 sekvenser, blev skåret for at indeholde et tilfældigt sæt på 1% af alle prøver, herunder en prøve fra en patient S (rød prik). Patient A er et sort punkt. Patientens linje S (rød) har 18 mutationer, herunder A69-70HV og Y435F S-protein mærket med henholdsvis to indre cirkler gule og blå. LINE B.1.1.7 og Cluster 5 Shaded / © BasyKin G.A. Andet

Forskere sekventeres genomet af virusprøven opnået den 20. august fra nasopharynx. Til sammenligning sekventerede de også en kvindes smearprøve (patient A), hvorfra en 47-årig patient (er) er formodentlig og inficeret. Som følge heraf viste det sig, at Wuhan stamme Sars-Cov-2 fra referencen skelner en prøve af russere fra 25 genetiske ændringer. "Af disse anbringes syv variationer af enkeltnukleotidpolymorfier, herunder tre i nabostilling 21881-21883, i en patients prøve i linje B.1.1. Genomet bærer de resterende 18 genetiske ændringer. En prøve af den første ældre patient og er anbragt i basislinjen B.1.1, hvilket bekræfter, at 18 mutationer er specifikke for patientens, "forklaret eksperter.

Således er forfatterne af rapporten, sekventeret af coronavirusgenomet fra patienten med lymfomet, kendetegnet ved en uafhængig erhvervelse af 18 nye mutationer, der er akkumuleret fra 10. april til 20. august: Dette svarer til hastigheden på 1,67E-3 ændringer til Nukleotidet om året, det vil sige, overstiger den gennemsnitlige evolutionshastighed betydeligt SARS-COV-2. Herunder mutationer af S-protein Y453F og A69-70HV ("kombination Δf"), som blev afsløret i forurenet mink coronavirus.

"Begge mutationer findes hos en patient med en mellemfrekvens: Dette er et tilfælde af polymorfisme inde i værten. Da phylogenetisk analyse har vist, at patientens stamtavle ikke er forbundet med en minkklynge, blev mutationer genformet. Den uafhængige erhvervelse af et identisk par ændringer i mink og patient med lymfom, såvel som mellem flere patienter med en deprimeret immunitet, involverer aftalte ændringer i udvælgelsen. Patienten s gav den eneste prøve til i dag med en kombination af Y453F og S mutationer: Δ69-70HV uden for klyngen 5, der er erhvervet uafhængigt af mink, "tilføjede de.

Forskere fortalte om den russiske kvinde, hvor Koronavirus købte 18 nye mutationer 5749_3
Spikelister i kendte Coronavirus varianter og registrerede tilfælde af den såkaldte forlængede Covid-19. Viser mutationerne af aminosyresekvensen kodet af spidsegenet. Rækker fra top til bund: 501Y: Variant V2; Version VOC-202012/01 (British Strain); Mulighedsklustering 5; Patient med en svækket immunitet, modtagelse af et plasma genvundet; Patient med en svækket immunitet, der modtager en blanding af monoklonale antistoffer regeneron; Patient med en svækket immunitet, der modtager et plasma for udvinding; En patient med en svækket immunitet, der ikke modtog behandling med plasma eller antistoffer til udvinding. Lyse farver markerede mutationer observeret mindst i to studier / © BasyKin G.A. Andet

Desuden afslørede patienten to mutationer, som tidligere også findes hos andre patienter med COVID-19 med svækket immunitet, herunder N501Y. Denne ændring er til stede i den såkaldte britiske stamme af Coronavirus og den sydafrikanske version.

"Da alle disse mutationer købes med konkret (det vil sige ligner genotypen. - Ca. ed.) Derfor bidrager det til udvælgelsestrykket, hvilket er almindeligt for patienter med svækket immunitet og muligvis for mink, men adskiller sig fra det i befolkningen. Ikke desto mindre kan muligheder, der er identificeret hos patienter med svækket immunitet (og i mink), senere spredes til en fælles befolkning, der påvirker egenskaberne ved cirkulerende stammer, "Forfatterne af undersøgelsen opsummerede.

Lederen af ​​den videnskabelige gruppe Gregory Basykin, professor i Skolksky Institute of Science and Technology, noterede sig i kommentaren for de russiske medier, som beskrevet i rapportens sag - en enkelt. "For en generel epidemiologisk situation repræsenterer den ikke stor betydning. Det er håbet, at denne virus, der stammer fra denne patients krop, ikke gik overalt. Det er snarere forsøg på at forstå, hvordan denne virus udvikler sig, og hvad et naturligt valg handler om det, "understregede han.

Kilde: Naked Science

Læs mere