Vīrusi ir visvairāk daudzi bioloģiskie objekti mūsu planētas. Un bakteriofāgu skaits, kas pazīstams arī kā fagus - vīrusi, inficējot baktēriju šūnas un arheys, saskaņā ar zinātnieku aprēķiniem, ir 1031 daļiņas. Tie lielā mērā ietekmē mikrobu kopienas, darbojoties kā horizontālas gēnu pārneses vektoru kodēšanas palīgfunkcijas, noderīgas baktēriju saimnieku veidiem.
Gadu desmitiem, pētnieki ir cietuši no fagiem ne tik ātri, kā viņi vēlējās, tomēr sakarā ar rašanos augstas veiktspējas metagenomyle, kļuva iespējams atklāt nepieredzētu skaitu jaunu fāgu. Tādējādi negaidīts atklājums bija tas, ka lielāko daļu fagmas secību nevarēja attiecināt uz jebkuru zināmo vīrusu taksonomijas (ICTV) izveidoto vīrusu taksonomiju (ICTV).
Ir zināms, ka fāgu ietekmē dažādas ekosistēmas, un ņemot vērā to, cik svarīgi ir kompozīcijas un funkciju zarnu mikrobiomas cilvēku veselībai, arvien vairāk uzmanības sāka veltīt šo ķermeni, kas dzīvo šo ķermeni. Baktēriju apkopotā nelīdzsvarotība izraisa daudzu slimību un sarežģītu valstu, piemēram, alerģiju un aptaukošanās attīstību. Tomēr līdz šim mēs zinājām salīdzinoši maz par zarnu baktēriju un bakteriofāgu lomu veselības un cilvēku slimībās.
Zinātnieki no mijiedarbības laboratorijas starp uzņēmējas un Microbiota institūtā Sganismā un Eiropas Bioinformātikas institūtā (Apvienotā Karaliste), piemērojot DNS sekvences metodi, veica vīrusu sugu bioloģiskās daudzveidības katalogu, kas atklāti 28,060 cilvēku zarnu genomu komplektā, kas savākti 28 dažādas valstis sešos kontinentos (Āfrikā, Āzijā, Eiropā, Ziemeļamerikā, Dienvidamerikā un okeānijā) un 2898 baktēriju izolātu genomi, kas no šī vēdera orgāna izvirzīja. Darba rezultāti tiek prezentēti šūnu žurnālā.
Zinātnieki ir atklājuši 142,809 genomus, kas dzīvo cilvēka zarnās, vairāk nekā puse ir tikušies iepriekš. Vīrusu daudzveidība izrādījās visaugstākā starp šādu baktēriju veidu kā uzņēmumiem. Tajā pašā laikā aptuveni 36% vīrusu kopu neaprobežojās ar vienu tipu, radot gēnu tīkla plūsmas starp phylogenētiski dažāda veida baktērijām.
Starp desmitiem tūkstošu vīrusu, zinātnieki ir identificējuši jaunu plašu kopumu fagiem ar īpašībām, kas atgādina Crassphage bakteriofāgu, atklāja 2014. gadā notekūdeņos daudzu valstu. Šī grupa inficē Gram-negatīvas anaerobās baktērijas baktērijas bakteroidaceae ģimeni sauca Gubafag. Un, pēc ekspertu domām, viņa un Crassphage - kopīgs senčs.
"Mēs arī novērojām skaidru nošķiršanu starp Ziemeļamerikas iedzīvotāju, Eiropas un Āzijas iedzīvotājiem un paraugiem no Āfrikas un Dienvidamerikas. Interesanti, fagiomas modeļi (visu fāga genomu secību kopums paraugā. - Ref. Ed.), Kas korelē ar svarīgām atšķirībām personas dzīvesveidā. Un pilsētu paraugos atrastie fāgi bija vērsti uz baktēriem, bet ne uz prevotellacea ģimenes baktērijām, bet lauku paraugos no Peru, Tanzānijas, Madagaskara un Fidži saturēja figūras ar virkni īpašnieku, kuru mērķis bija Prevotellaceae, nevis baktēri, "zinātnieki pastāstīja.
Pēc viņu teiktā, iegūtais augstas kvalitātes liela mēroga fāgu katalogs uzlabos vīrusa pētījumus - zarnu mikrobiomas vīrusa sastāvdaļu - un ļaus panākt ekoloģisko un evolūcijas analīzi par cilvēka zarnu zarnu bakteriofāgiem.
"Jāatceras, ka ne visi vīrusi ir kaitīgi: tie ir zarnu ekosistēmas neatņemama sastāvdaļa. Lielākā daļa vīrusu, kas mums atklāja, ir DNS kā ģenētisks materiāls, tas ir, atšķiras no pazīstamiem patogēniem, piemēram, Coronavirus SARS-COV-2 vai Zika vīrusu, kas ir RNS vīrusi. Otrkārt, mūsu paraugi tika iegūti galvenokārt no veseliem cilvēkiem, kuriem nav īpašu slimību, "teica Dr. Aleksandrs Almeida, viens no pētījuma autoriem.
Avots: Naked Science