Sudarė išsamiausią virusų, gyvenančių žmogaus žarnyne, katalogą

Anonim
Sudarė išsamiausią virusų, gyvenančių žmogaus žarnyne, katalogą 2040_1
Sudarė išsamiausią virusų, gyvenančių žmogaus žarnyne, katalogą

Virusai yra dauguma biologinių objektų mūsų planetoje. Ir bakteriofagų skaičius, taip pat žinomas kaip fagai - virusai, užkrėsti bakterijų ląsteles ir archays, pagal mokslininkų skaičiavimus, yra 1031 dalelių. Jie stipriai veikia mikrobų bendruomenes, veikdamas kaip horizontalūs genų perdavimo vektoriai, koduojantys pagalbines funkcijas, naudingas bakterijų ir šeimininkų tipams.

Dešimtmečius mokslininkai patyrė fagų ne taip greitai, kaip jie norėjo, tačiau dėl didelio našumo metagenomilo atsiradimo, tapo įmanoma nustatyti precedento neturintį naujų fagų skaičių. Taigi netikėtas atradimas buvo ta, kad fagų sekų dauguma negalėjo būti priskirta bet kuriai žinoma virusinė taksonomija, kurią nustatė Tarptautinis Virusų taksonomijos komitetas (ICTV).

Yra žinoma, kad fagai turi įtakos įvairioms ekosistemoms ir atsižvelgiant į žmogaus sveikatai žarnyno mikrobiomos sudėties ir funkcijų svarbą, vis daugiau dėmesio pradėjo skirti šiam kūnui gyvenantiems fagams. Bakterijų agregatų disbalansas sukelia daugelio ligų ir sudėtingų valstybių, pvz., Alergijos ir nutukimo, kūrimą. Tačiau iki šiol mes žinome gana mažai apie žarnyno bakterijų ir bakteriofagų vaidmenį sveikatai ir žmogaus ligoms.

Mokslininkai iš šeimininko ir mikrobiotos laboratorijos Sengerio ir Europos bioinformatikos instituto (Jungtinės Karalystės) instituto (Jungtinės Karalystės), taikant DNR sekos metodą, sąveikos laboratorijos laboratorijos laboratorijos laboratorijoje padarė DNR sekinimo metodą, pateikė virusų rūšių biologinę įvairovę, aptiktą 28 060 žmogaus žarnyno genomų rinkinių rinkiniais. \ T 28 skirtingos šalys šešiuose žemynuose (Afrikoje, Azijoje, Europoje, Šiaurės Amerikoje, Pietų Amerikoje ir Okeanijoje) ir 2898 bakterijų izoliatų genomai, kurie iškėlė nuo šio pilvo organo. Jų darbo rezultatai pateikiami ląstelių žurnale.

Mokslininkai atrado 142 809 asmenų, gyvenančių asmenų žarnyne, genomai, kurių anksčiau kada nors susitiko anksčiau. Virusinė įvairovė pasirodė esanti didžiausia tarp tokių bakterijų tipo kaip firmos. Tuo pačiu metu apie 36% virusinių grupių nebuvo tik vienos rūšies, sukuriant tinklų srautus genų tarp filogenetiškai skirtingų tipų bakterijų.

Sudarė išsamiausią virusų, gyvenančių žmogaus žarnyne, katalogą 2040_2
Bakteriofage ir jo struktūra / © Getty Images

Tarp dešimtys tūkstančių virusų, mokslininkai nustatė naują plačiai paplitusių fagų rinkinį su charakteristikomis, panašiomis į crassphage bakteriofage, aptikta 2014 m. Daugelio šalių nuotekoje. Ši grupė užkrėsti gram-neigiamas anaerobines bakterijų bakterijas bakterioidaceae šeimos buvo vadinamas Gubafag. Ir, pasak ekspertų, ji ir crassphage - bendras protėvis.

"Mes taip pat pastebėjome aiškų atskyrimą tarp Šiaurės Amerikos, Europos ir Azijos gyventojų ir mėginių iš Afrikos ir Pietų Amerikos. Įdomu tai, kad fagiomos modeliai (visų fagų genomų sekų rinkinys mėginyje. - Ref. Ed.) Suderinami su svarbiais asmenų gyvenimo būdo skirtumais. Ir miesto mėginiuose randami fagai buvo skirti bakteroidams, bet ne ant Prevotellacea šeimos bakterijų, o kaimo pavyzdžiuose iš Peru, Tanzanija, Madagaskaras ir Fidžis buvo fagai su įvairiais savininkais, kuriais siekiama, kad "Prevotellaceae" vietoj bakterioidų, o ne bacteroides, "mokslininkai pasakė.

Pasak jų, gaunamas aukštos kokybės didelio masto fagų genomų katalogas pagerins būsimus viruso tyrimus - žarnyno mikrobiomos viruso komponentą ir leis į žmogaus žarnyno bakteriofagų ekologinę ir evoliucinę analizę.

"Reikia prisiminti, kad ne visi virusai yra žalingi: jie yra neatskiriama žarnyno ekosistemos dalis. Dauguma virusų, kuriuos atskleidėme, yra DNR kaip genetinė medžiaga, tai skiriasi nuo gerai žinomų patogenų, tokių kaip Coronavirus SARS-COV-2 arba Zika virusas, kuris yra RNR virusai. Antra, mūsų mėginiai buvo gauti daugiausia iš sveikų žmonių, kurie neturi jokių specifinių ligų ", - sakė dr. Aleksandras Almeida, vienas iš tyrimo autorių.

Šaltinis: nuogas mokslas

Skaityti daugiau