Les virus sont les objets biologiques les plus nombreux sur notre planète. Et le nombre de bactériophages, également appelés phages - virus, infectant des cellules bactériennes et des archaeys, selon les estimations des scientifiques, est de 1031 particules. Ils affectent fortement les communautés microbiennes, agissant en tant que vecteurs de transfert de gène horizontal codant des fonctions auxiliaires, utiles pour les types de bactéries-hôtes.
Pendant des décennies, des chercheurs ont subi des phages non aussi rapides qu'ils le souhaitaient, cependant, en raison de l'émergence d'une métagénomie hautes performance, il est devenu possible de détecter un nombre sans précédent de nouveaux phages. Ainsi, la découverte inattendue était que la majorité des séquences de phage ne pouvaient être attribuées à une taxonomie virale connue établie par le Comité international sur la taxonomie du virus (TICT).
On sait que les phages affectent divers écosystèmes et compte tenu de l'importance de la composition et des fonctions du microbiome intestinal pour la santé humaine, l'attention croissante a commencé à consacrer aux phages habitant de cet organe. Le déséquilibre dans l'ensemble des bactéries conduit au développement de nombreuses maladies et états complexes, tels que les allergies et l'obésité. Cependant, jusqu'à présent, nous savions relativement peu de choses sur le rôle que jouent les bactéries intestinales et les bactériophages dans la santé et les maladies humaines.
Scientifiques du laboratoire d'interaction entre l'hôte et le microbiote de l'Institut de Senger et de l'Institut européen de bioinformatique (Royaume-Uni), appliquant la méthode de séquençage de l'ADN effectué un catalogue de la biodiversité des espèces virales découvertes dans 28 060 séries de génomes intestinaux humains recueillis dans 28 pays différents de six continents (Afrique, Asie, Europe, Amérique du Nord, Amérique du Sud et Océanie) et 2898 génomènes d'isolats bactériens, qui ont élevé de cet organe abdominal. Les résultats de leur travail sont présentés dans le magazine cellulaire.
Les scientifiques ont découvert 142 809 génomes des phages vivant dans l'intestin d'une personne, dont plus de la moitié ont déjà rencontré auparavant. La diversité virale s'est avérée être la plus élevée parmi un tel type de bactéries que des entreprises. Dans le même temps, environ 36% des grappes virales n'étaient pas limitées à un type, créant des flux de réseaux de gènes entre des types de bactéries phylogénétiquement différents.
Parmi des dizaines de milliers de virus, des scientifiques ont identifié une nouvelle série généralisée de phages avec des caractéristiques ressemblant à la bactériophage de crassphage, découverte en 2014 dans les eaux usées de nombreux pays. Ce groupe infectant des bactéries anaérobies à Gram négatif négatif de la famille des bacteroïdesae s'appelait Gubafag. Et, selon des experts, elle et Crassphage - un ancêtre commun.
«Nous avons également observé une séparation claire entre les fagomes des habitants de l'Amérique du Nord, de l'Europe et de l'Asie et des échantillons d'Afrique et d'Amérique du Sud. Fait intéressant, des motifs de fagiome (un ensemble de séquences de tous les génomes de phage dans l'échantillon. - Réf. Ed.) Corrélées avec des différences importantes dans le mode de vie d'une personne. Et les phages trouvés dans des échantillons urbains visaient des bactéries, mais pas sur les bactéries de la famille Prevotellacea, alors que dans les échantillons ruraux du Pérou, de la Tanzanie, de Madagascar et de Fidji contenaient des phages avec une gamme de propriétaires destinés à Prevotellaceae au lieu de bactéries », des scientifiques Raconté.
Selon eux, le catalogue à grande échelle de phages de haute qualité résultant améliorera les futures études de virus - la composante virale du microbiome intestinal - et permettra une analyse écologique et évolutive des bactériophages intestinales humaines.
«Il faut se rappeler que tous les virus ne sont pas nocifs: ils font partie intégrante de l'écosystème intestinal. La plupart des virus que nous avons révélés ont un ADN comme matériel génétique, c'est-à-dire différer des agents pathogènes bien connus, tels que le Coronavirus SARS-COV-2 ou le virus Zika, qui sont des virus d'ARN. Deuxièmement, nos échantillons ont été obtenus principalement de personnes en bonne santé qui n'ont pas de maladies spécifiques », a déclaré le Dr Alexander Almeida, l'un des auteurs de l'étude.
Source: science nue